La madrasa tal y como la vemos hoy fue fundada a finales del siglo XVI por el sultán Ahmad al-Mansur, de la dinastía saadí, aunque ya antes había existido una escuela religiosa en este mismo lugar. En su época de mayor esplendor, llegó a acoger hasta 900 estudiantes, lo que le valió la reputación de ser la mayor universidad islámica del norte de África en aquella época.
Estudiantes de toda la región se desplazaron a Marrakech para estudiar teología, derecho y otras disciplinas académicas. Vivían en modestas habitaciones compartidas dispuestas alrededor del patio central, lo que creaba una comunidad académica autónoma dentro de la medina.
Con el paso del tiempo, el papel de la madrasa como centro educativo fue perdiendo importancia, hasta que finalmente cerró. En el siglo XX, gracias a importantes trabajos de restauración, se conservaron con esmero sus intrincados azulejos de zellige, la madera de cedro tallada y la decoración de estuco. Tras su reapertura como monumento histórico, hoy en día se considera uno de los mejores ejemplos que se conservan en Marruecos de la arquitectura saadí y sigue siendo una parte esencial del patrimonio cultural de Marrakech.
