La madrasa actuelle a été créée à la fin du XVIe siècle par le sultan Ahmad al-Mansour de la dynastie saadienne, bien qu'une école religieuse ait existé sur ce site plus tôt. À l'époque, il accueillait jusqu'à 900 étudiants, ce qui lui a valu la réputation d'être le plus grand collège islamique d'Afrique du Nord à l'époque.
Des étudiants partant de toute la région se sont rendus à Marrakech pour étudier la théologie, le droit et d'autres disciplines universitaires. Ils vivent en direct dans de modestes dortoirs disposés autour de la cour centrale, créant ainsi une communauté universitaire autonome au sein de la médina.
Au fil du temps, le rôle de la madrasa en tant qu'institution d'enseignement a décliné et elle a fini par être fermée. Au XXe siècle, d'importants travaux de restauration ont permis de préserver avec soin ses carreaux de zellige complexes, son bois de cèdre sculpté et ses décorations en stuc. Rouverte en tant que monument historique, elle est aujourd'hui considérée comme l'un des plus beaux exemples de l'architecture saadienne au Maroc et reste un élément essentiel du patrimoine culturel de Marrakech.
