Madrasaen slik vi ser den i dag, ble etablert på slutten av 1500-tallet av sultan Ahmad al-Mansur fra det saadiske dynastiet, selv om det hadde eksistert en religiøs skole på dette stedet enda tidligere. Da det var som størst, hadde det plass til 900 studenter, noe som ga det rykte som den største islamske høyskolen i Nord-Afrika på den tiden.
Studenter fra hele regionen reiste til Marrakesh for å studere teologi, juss og andre vitenskapelige disipliner. De levde i beskjedne sovesalsceller som var plassert rundt den sentrale gårdsplassen, og skapte et selvstendig akademisk fellesskap i medinaen.
Over tid ble madrasaens rolle som undervisningsinstitusjon svekket, og den ble til slutt stengt. På 1900-tallet ble det gjort store restaureringsarbeider for å ta vare på de intrikate zellige flisene, det utskårne sedertreverket og stukkaturdekorasjonene. Det er nå gjenåpnet som et historisk monument og regnes som et av Marokkos fineste eksempler på saadisk arkitektur, og det er en viktig del av Marrakeshs kulturelle arv.
