A madrasa como a conhecemos hoje foi fundada no final do século XVI pelo sultão Ahmad al-Mansur, da dinastia Saadiana, embora já existisse uma escola religiosa nesse local antes disso. No auge, a instituição recebia até 900 alunos, o que lhe rendeu a fama de ser a maior faculdade islâmica do Norte da África na época.
Estudantes de toda a região viajaram para Marraquexe para estudar teologia, direito e outras disciplinas acadêmicas. Eles moravam em modestos dormitórios dispostos em torno do pátio central, formando uma comunidade acadêmica autônoma dentro da medina.
Com o passar do tempo, o papel da madrasa como instituição de ensino foi perdendo importância, e ela acabou sendo fechada. No século XX, grandes obras de restauração preservaram cuidadosamente seus intrincados azulejos zellige, a madeira de cedro entalhada e a decoração em estuque. Reaberto como monumento histórico, é hoje considerado um dos melhores exemplos remanescentes da arquitetura saadiana em Marrocos e continua sendo uma parte essencial do patrimônio cultural de Marraquexe.
